藥械部于2014年重新組建并更名，于2003年成立臨床藥學室并開展血藥濃度監測，是云南省第三家開展此項目的醫院，藥械部是集藥品采購供應、藥品調劑、臨床合理用藥指導、教學、科研為一體的綜合科室?，F由調劑科、采購供應科、臨床藥學科、制劑室四個部門組成。調劑科包含本部門診藥房、本部中心藥房、本院靜脈藥物配置中心（PIVAS）、審方中心、北城中心藥房、北城PIVAS、東城藥房、口腔醫院藥房共8個部門。藥械部的發展已經由被動藥品供應保障工作向主動提高優質藥學服務方向轉變，積極支持醫院臨床科室的藥品保障供應、合理用藥，擴大了科室的專業度和知名度，提升了自身素質。

目前共有126人，其中研究生學歷16人，本科學歷89人。正高專業技術人員2人，副高專業技術人員20人，中職專業技術人員38人，初級專業技術人員49人。

藥房共有5臺智能化設備，其中包括4臺智能化包藥機、1臺整盒發藥機，承擔了全院藥品的儲存、養護、配送等工作。

2006年成立曲靖市首家靜脈藥物配置中心，2015年成功申報國家級臨床藥師規培基地，2017年成為曲靖市藥事管理與臨床藥學質控中心掛靠科室，2018年11月籌建審方中心，2019年4月在云南省率先上線處方前置審核系統，2020年成立GCP藥房。

制劑室專業從事醫療機構制劑的研究、開發與配制。制劑室現有制劑品種76個，可配制28種劑型。是市政府批準設立的曲靖市天然藥物研發中心，是云南省民族民間醫藥學會民族藥制劑專委會的主委單位?，F有院外調劑使用單位11家，調劑至院外品種共22個。

科室先后申報省級科研項目1項，市級、院部級及昆明醫科大學科研項目5項，曲靖市科技進步獎二等獎，發表北大核心期刊1篇，科技核心期刊10余篇，中文期刊數篇?？剖以@國家級品管圈優秀獎、省級三等獎，并在其他全國性藥學比賽中多次問鼎，在云南省藥師技能大賽中榮獲一、二等獎，在院內舞蹈、合唱、演講等比賽中均摘得桂冠。