一、職能部門

      黨委辦公室、紀檢監察處、宣傳統戰處、審計處、醫院辦公室、醫務部、護理部、人力資源部、科教部、綜合運營管理部、財務部、醫院感染管理部、公共衛生事務部、綜合信息管理部、醫保管理部、醫療支持保障部、安全保衛部、客戶服務部、工會、

二、臨床醫技科室

     1.臨床內科：呼吸與危重癥醫學科、心血管內科、消化內科、老年病科、內分泌代謝科、風濕免疫科、神經內科、腎臟內科(血液透析中心)、血液內科、兒內科、中醫科、腫瘤科、曲靖市傳染病醫院(感染科)、康復醫學科、北城醫院內科、消化內鏡中心、 疼痛科、臨床營養科、全科醫學科、腦血管病科、皮膚科(醫療美容科)

     2.臨床外科：肝膽胰外科、胃腸外科、脊柱外科、關節與運動醫學科、創傷骨科（手足外科）、泌尿外科一病區、泌尿外科二病區、胸外科、婦科、產科、兒外科、神經外科、眼科、耳鼻咽喉科、肛腸科、心臟血管外科(介入科)、甲狀腺乳腺外科、北城醫院外科、麻醉科、重癥醫學科、日間手術中心(疝與腹壁外科診療中心)、北城醫院麻醉科、北城醫院耳鼻咽喉科

     3.門急診綜合片：口腔醫院、急診科、門診部、緊急醫療救援中心、靜脈導管護理中心、北城醫院急診科

     4.醫技綜合片：放射科、檢驗中心、超聲科、病理科、磁共振科、藥械部、輸血科、核醫學科、消毒供應中心、曲靖市健康管理中心